工藤新一是全(quán )国著名的高中生侦探(tàn )，在一次追查(chá )黑衣人犯罪(zuì )团伙时(shí )不(bú )幸被(bèi )团伙成(chéng )员发现，击晕后(hòu )喂了神奇的药水(shuǐ )，工藤新一变回了小孩！新一(yī )找到了经常帮助(zhù )他(tā )的阿笠博士，博(bó )士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙(huǒ )对他进行报(bào )复(fù )，新一决(jué )定隐姓埋名(míng )，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女(nǚ )友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找(zhǎo )男友的下(xià )落，被小兰(lán )撞见(jiàn )的新一(yī )情急之下(xià )编(biān )造(zào )了自己名叫江户(hù )川柯南，随后柯南寄居(jū )在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私(sī )家(jiā )侦探，新一可以籍着和(hé )他一起四出办案(àn )一起(qǐ )追(zhuī )查黑夜人的(de )下落。柯南在小学认识(shí )步美等小(xiǎo )学生(shēng )，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！