工(gōng )藤新一是全国著名(míng )的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药(yào )水，工(gōng )藤新一变回了小孩！新一找到了经常(cháng )帮(bāng )助(zhù )他的(de )阿(ā )笠博(bó )士，博士为(wéi )他(tā )度(dù )身打造(zào )不少间(jiān )谍武器。为了防(fáng )止犯罪团(tuán )伙(huǒ )对他进行报复，新(xīn )一决定(dìng )隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日(rì )，新一 的女(nǚ )友毛利(lì )兰来到了(le )阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞(zhuàng )见的新一情(qíng )急(jí )之(zhī )下编造了(le )自(zì )己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲(qīn )毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起(qǐ )四出办案一起追查黑夜人的下落。柯(kē )南(nán )在小学认识步美等小学生，他(tā )们一起(qǐ )组织了(le )一个少年侦(zhēn )探团，向罪犯宣战！