工藤新一是全(quán )国著名(míng )的高中(zhōng )生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击(jī )晕后喂了神奇的(de )药水，工藤新一(yī )变回了(le )小孩！新(xīn )一找到了(le )经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍(dié )武器。为了防止犯罪(zuì )团伙对他进行报复，新一决定(dìng )隐姓(xìng )埋(mái )名(míng )，暗中(zhōng )追(zhuī )查他们，希望能得(dé )到解药(yào )。一(yī )日，新一 的女友毛利兰(lán )来到了阿笠(lì )博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之(zhī )下(xià )编造了自己名叫江户川柯南，随后(hòu )柯南寄居(jū )在了(le )小兰家。小(xiǎo )兰的父亲毛利(lì )小(xiǎo )五郎是一名私(sī )家侦探(tàn )，新一(yī )可以籍着和他一起(qǐ )四出办案一起追查黑夜人的下落(luò )。柯南在小学认识步美等小学生，他们(men )一(yī )起组织了一个少年侦探团，向罪犯(fàn )宣战(zhàn )！