工藤新一(yī )是全国(guó )著名的高中生侦探，在一次(cì )追查(chá )黑衣人犯(fàn )罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕(yūn )后喂了神奇(qí )的(de )药水，工(gōng )藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找到了经常帮助他的阿(ā )笠(lì )博士，博士为他度身打造不少间(jiān )谍武器。为了防(fáng )止犯罪团伙对他进行报复，新(xīn )一决定隐姓埋名，暗(àn )中追查他(tā )们，希望能(néng )得到解药(yào )。一日，新一 的(de )女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见(jiàn )的新一情急之下编造了自己(jǐ )名叫江户(hù )川柯(kē )南(nán )，随后柯南寄居(jū )在(zài )了小兰家。小兰的父亲毛利小五(wǔ )郎是一名私家侦探，新(xīn )一(yī )可(kě )以籍着(zhe )和他一起四(sì )出(chū )办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学(xué )认识步美等小学(xué )生，他们(men )一(yī )起组织了一个少年侦(zhēn )探团，向罪犯宣(xuān )战！