工藤新一是全国(guó )著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被(bèi )团伙成员发现，击(jī )晕后喂了(le )神奇的药水(shuǐ )，工(gōng )藤新一变回了(le )小孩！新一找到了经常帮(bāng )助(zhù )他(tā )的阿笠博士，博士为他度身打造不少(shǎo )间谍武器。为了防(fáng )止犯罪团伙对他进行报(bào )复(fù )，新一决定隐姓埋(mái )名，暗中追查他们，希(xī )望能得到(dào )解药。一(yī )日，新一 的女友毛利(lì )兰来到了阿笠博士的家寻(xún )找男友的(de )下落，被小兰撞见的新一情急之下编造(zào )了自己名叫江户(hù )川(chuān )柯南，随后(hòu )柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲(qīn )毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍(jí )着和他一起四(sì )出(chū )办案一起(qǐ )追查黑夜人(rén )的下(xià )落。柯南在小(xiǎo )学认(rèn )识步美等小学生，他们一起组织了一个少年(nián )侦(zhēn )探(tàn )团，向罪犯宣战！