工藤新一是全国著名的高中生(shēng )侦(zhēn )探，在一次追查黑衣(yī )人犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发现，击晕后喂了神(shén )奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造(zào )不少(shǎo )间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行(háng )报复，新一(yī )决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解(jiě )药。一日，新一 的女友毛利兰(lán )来到(dào )了阿笠博士(shì )的家(jiā )寻找男友的下落，被(bèi )小(xiǎo )兰撞(zhuàng )见的新(xīn )一情急(jí )之下编造了自己名叫江户川(chuān )柯南，随后柯(kē )南寄居在了(le )小兰家。小(xiǎo )兰的父(fù )亲毛(máo )利小五郎是一(yī )名(míng )私家侦探，新一可以籍着和他(tā )一起四出办案一起追查黑(hēi )夜人的下落。柯南在小学(xué )认识(shí )步美等小(xiǎo )学生，他们一起(qǐ )组(zǔ )织了一(yī )个少年侦探团，向罪犯宣战！