工藤新一是全国(guó )著名的(de )高中(zhōng )生侦探，在(zài )一次(cì )追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙(huǒ )成员发现，击晕后喂(wèi )了神奇(qí )的药水，工藤(téng )新一(yī )变回了小(xiǎo )孩！新一(yī )找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他(tā )度身打造不少间谍武器(qì )。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新(xīn )一(yī )决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们(men )，希望能(néng )得(dé )到(dào )解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男(nán )友的(de )下(xià )落，被小兰撞(zhuàng )见的新一情急(jí )之下(xià )编造(zào )了自己名叫江户(hù )川柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰(lán )家。小兰的父亲毛利小五(wǔ )郎是一名私家侦探，新一(yī )可(kě )以籍着和他(tā )一起四(sì )出办案一起追查黑夜人的下落(luò )。柯南在小学认识步美(měi )等小学生，他们一起(qǐ )组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！