工藤新一是全国著名的高中生(shēng )侦探，在一次追查黑衣人(rén )犯罪团伙时不幸被团伙成(chéng )员发现，击晕后(hòu )喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找(zhǎo )到了经常(cháng )帮助他的阿笠(lì )博(bó )士，博(bó )士为他(tā )度身打造不少间谍武器(qì )。为(wéi )了防止犯罪团伙对他进行报复(fù )，新一决(jué )定隐姓埋名(míng )，暗中追查他们，希望能得到解药。一日(rì )，新一 的(de )女友毛利兰来到了阿笠博(bó )士的(de )家寻找男友的下落，被小(xiǎo )兰撞见的新(xīn )一情急(jí )之下编造(zào )了自己(jǐ )名叫江户川柯南，随后柯南寄居(jū )在了小兰(lán )家。小(xiǎo )兰的父(fù )亲毛利小五(wǔ )郎是一名私家(jiā )侦探(tàn )，新(xīn )一可以籍着和(hé )他一起四出办案一(yī )起追查黑(hēi )夜人的下落。柯南在小学认识步美等(děng )小学生，他们一起组织(zhī )了一个少年侦探团(tuán )，向罪犯宣战！