工藤新一是全(quán )国(guó )著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击(jī )晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回(huí )了小孩！新一(yī )找到(dào )了经常帮助他的阿笠(lì )博士，博士(shì )为他度身(shēn )打造不少间谍武器(qì )。为(wéi )了防(fáng )止犯罪团伙(huǒ )对他进行(háng )报复，新一决定隐姓(xìng )埋名(míng )，暗中追查他(tā )们，希望能得(dé )到解药(yào )。一日，新一 的女友毛利兰来到(dào )了阿笠博(bó )士(shì )的家(jiā )寻找男友的下落(luò )，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江(jiāng )户川柯南，随后(hòu )柯南寄居在了小兰家(jiā )。小兰的父亲毛利小五郎是一名私(sī )家侦探，新一可(kě )以籍着和他一起(qǐ )四出办案一起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯南在小学(xué )认识步美等(děng )小学生，他们一起组织了(le )一(yī )个少(shǎo )年侦(zhēn )探团，向罪犯宣(xuān )战！