工(gōng )藤(téng )新一是全国著(zhe )名的高(gāo )中生侦(zhēn )探，在一次追查黑衣人犯罪(zuì )团伙(huǒ )时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找(zhǎo )到了经常帮助他的阿笠博士，博士(shì )为他(tā )度身打(dǎ )造不少间谍武器。为了(le )防止犯(fàn )罪(zuì )团伙对他进行报复，新(xīn )一决定隐姓埋名，暗中追(zhuī )查他(tā )们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛(máo )利兰来(lái )到了阿(ā )笠博士的家寻找男友的下(xià )落(luò )，被小(xiǎo )兰撞见的新(xīn )一情急(jí )之下编造了(le )自己(jǐ )名(míng )叫江户川柯南(nán )，随后柯南寄(jì )居在了小兰(lán )家。小兰的父亲毛利小五(wǔ )郎是一名私家侦探(tàn )，新一可以籍着和(hé )他一起四(sì )出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学(xué )认识(shí )步美等小学生(shēng )，他们一起组织了一个少年侦探团(tuán )，向罪(zuì )犯宣战(zhàn )！