工藤新一是全(quán )国(guó )著名的高中生侦探，在一次追查黑(hēi )衣人犯罪团伙时不幸(xìng )被(bèi )团伙成员发现(xiàn )，击(jī )晕后(hòu )喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一变(biàn )回了(le )小孩(hái )！新一找到(dào )了经(jīng )常帮助(zhù )他的阿(ā )笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止(zhǐ )犯罪团伙对他进行报复，新一决(jué )定隐姓埋名，暗(àn )中追(zhuī )查他们，希望能得到(dào )解药。一(yī )日(rì )，新一 的女友毛利兰(lán )来到了阿笠博士的家寻找男友的下落(luò )，被小兰撞(zhuàng )见的新一(yī )情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后(hòu )柯南寄居在(zài )了小兰家。小兰的父亲(qīn )毛利(lì )小五郎是一名私(sī )家侦探(tàn )，新(xīn )一可以籍着和他一起四出(chū )办(bàn )案一起追查黑夜人的下落(luò )。柯南在小学认(rèn )识步美等小学生(shēng )，他们一起组织了一个少年侦探团(tuán )，向罪犯(fàn )宣战！