工藤新(xīn )一是全国著名的高中生侦探，在一次(cì )追查黑衣(yī )人犯罪团伙时不(bú )幸被团伙(huǒ )成(chéng )员(yuán )发现，击晕后(hòu )喂了神奇的药水，工藤(téng )新(xīn )一(yī )变回了小孩！新(xīn )一(yī )找到了经(jīng )常帮助他的阿笠博(bó )士，博士为(wéi )他度身打造不少间(jiān )谍武器(qì )。为了(le )防止(zhǐ )犯(fàn )罪团伙对(duì )他进行报(bào )复(fù )，新一(yī )决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利(lì )兰来到了阿笠博士的家寻找男(nán )友的下落，被(bèi )小兰撞见的(de )新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后(hòu )柯南寄居在了小兰家。小兰的(de )父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办(bàn )案一起追查黑夜人的(de )下落。柯(kē )南在小学认识步美等小学生，他(tā )们一起组(zǔ )织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！