工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查(chá )黑衣人犯罪团伙时不幸被团(tuán )伙成员发现，击晕后喂了神(shén )奇的药水，工藤新(xīn )一变回了小孩！新一找到了(le )经常帮助他(tā )的阿笠博士，博士(shì )为他(tā )度身打造不少(shǎo )间(jiān )谍武器。为了防(fáng )止(zhǐ )犯罪团伙对他进行报(bào )复，新一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的(de )女(nǚ )友(yǒu )毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男(nán )友的下(xià )落，被小兰(lán )撞见的新一(yī )情急之下编造(zào )了自己名叫江户川柯(kē )南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的(de )父亲毛利(lì )小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和(hé )他(tā )一起四出(chū )办案一起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯南(nán )在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦(zhēn )探(tàn )团，向罪犯宣战！