工(gōng )藤新一是全国著名(míng )的高中生侦(zhēn )探(tàn )，在(zài )一(yī )次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被(bèi )团伙成员发(fā )现，击晕后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新(xīn )一变回了小孩！新一(yī )找到(dào )了经常(cháng )帮助(zhù )他的阿(ā )笠博士，博士为(wéi )他度身打造不少间谍武器。为(wéi )了防止犯罪团伙对他进行报(bào )复，新一决(jué )定(dìng )隐(yǐn )姓埋(mái )名，暗中追查他们，希望能(néng )得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被(bèi )小兰撞见的新一情(qíng )急之下编造了自己名叫江户川(chuān )柯南，随(suí )后(hòu )柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛(máo )利小五郎是一(yī )名私家侦探，新一可以籍着和他一起四(sì )出办案(àn )一起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯南在小学认识步(bù )美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯(fàn )宣战(zhàn )！