工藤(téng )新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣(yī )人犯罪团伙(huǒ )时不幸被团(tuán )伙成员发现(xiàn )，击晕后喂了神(shén )奇的药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找到了经(jīng )常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少(shǎo )间谍武器(qì )。为了防(fáng )止犯(fàn )罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋(mái )名，暗中追查他们，希望能得到解(jiě )药。一日，新一 的(de )女友毛(máo )利兰来到了阿(ā )笠博士的(de )家寻(xún )找男友的下落(luò )，被小兰撞见(jiàn )的(de )新一情急之下编造了自己名(míng )叫(jiào )江户(hù )川柯南，随(suí )后(hòu )柯南寄居(jū )在了小兰家。小兰的父(fù )亲毛(máo )利小五郎(láng )是一名私家侦(zhēn )探，新一可(kě )以籍着和他一起四出办案一(yī )起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学(xué )生(shēng )，他(tā )们一起组织了一(yī )个少年侦探团，向罪犯宣战！