工藤新一是全国著名(míng )的(de )高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发现，击(jī )晕后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一变回了小孩！新(xīn )一找到了经常(cháng )帮助他(tā )的(de )阿笠(lì )博士，博士(shì )为他度身(shēn )打造不少间谍武器。为了防止犯罪团(tuán )伙对他进行报复，新一决定隐姓(xìng )埋名(míng )，暗中追(zhuī )查他们，希望能得到(dào )解药(yào )。一日，新一 的女(nǚ )友毛利(lì )兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新(xīn )一情急之下编造(zào )了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰(lán )家。小兰的(de )父亲毛利(lì )小五郎是一名(míng )私(sī )家侦探，新一可以籍着和他一起四(sì )出办案一起追查黑(hēi )夜人的下(xià )落。柯南在小学认(rèn )识(shí )步美等小(xiǎo )学(xué )生，他们一起组(zǔ )织了一(yī )个少年(nián )侦探(tàn )团，向罪犯(fàn )宣战！