工藤新一是(shì )全国(guó )著名的高中生侦探，在(zài )一次(cì )追查黑衣人犯罪团(tuán )伙(huǒ )时不幸被团伙成(chéng )员发现(xiàn )，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一(yī )变回了(le )小孩！新一(yī )找到了经常帮助他的阿笠博士(shì )，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防(fáng )止犯罪(zuì )团(tuán )伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他(tā )们，希望能(néng )得到解药。一日，新一 的女(nǚ )友毛利兰来(lái )到(dào )了阿笠博士的家(jiā )寻找男友(yǒu )的(de )下落(luò )，被小兰撞见的(de )新(xīn )一(yī )情急之(zhī )下编造了自己名(míng )叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家(jiā )。小兰的父亲毛利小五郎是一(yī )名私家侦(zhēn )探，新一可以(yǐ )籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人(rén )的(de )下落。柯南在小学认识步美等(děng )小(xiǎo )学生，他们一起组织了一个少年侦(zhēn )探团，向罪犯宣战(zhàn )！