工藤新一是全国著名的高中(zhōng )生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发现(xiàn )，击晕后(hòu )喂(wèi )了神奇的药水，工藤新一变回(huí )了小(xiǎo )孩！新(xīn )一找到了经常帮助他的阿(ā )笠(lì )博士，博士为他度身打(dǎ )造(zào )不少间谍武(wǔ )器。为了防止犯罪团伙对(duì )他进行报(bào )复，新一决定隐姓(xìng )埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日(rì )，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被(bèi )小兰撞(zhuàng )见的(de )新一情急(jí )之下(xià )编造了自(zì )己名叫(jiào )江户川柯南(nán )，随后柯南寄居在了小兰(lán )家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和(hé )他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南(nán )在小(xiǎo )学(xué )认识步美(měi )等小(xiǎo )学生，他们一起(qǐ )组(zǔ )织了(le )一个少(shǎo )年(nián )侦探团，向罪犯(fàn )宣战！