工藤新一是全国(guó )著名的高中生(shēng )侦探(tàn )，在一次追查黑衣(yī )人犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发现，击晕(yūn )后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一变回了(le )小孩！新一找到了(le )经常帮助他的阿(ā )笠博士(shì )，博士为他度身打造不(bú )少间谍(dié )武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定(dìng )隐(yǐn )姓埋名，暗(àn )中追查(chá )他们，希望能得(dé )到解药。一日，新一 的女友毛利(lì )兰来到了阿笠博士的(de )家寻找男友的下落，被(bèi )小兰撞见的新一情急之下(xià )编造了(le )自己名叫江户川柯南(nán )，随后(hòu )柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小(xiǎo )五(wǔ )郎是(shì )一(yī )名私家侦探，新一(yī )可以籍着和他一起四出(chū )办案一起追(zhuī )查黑夜(yè )人的下落。柯南(nán )在小学认识步美等小(xiǎo )学生，他们一起(qǐ )组织了一个少年侦(zhēn )探团，向罪犯宣战！