工藤新一是全国著名的高中生侦探，在(zài )一次追查黑(hēi )衣(yī )人犯罪团伙(huǒ )时不(bú )幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水(shuǐ )，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的(de )阿笠博士，博士为他度身打(dǎ )造不少间谍武器。为(wéi )了防止犯罪(zuì )团伙对他进行报复(fù )，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们(men )，希(xī )望(wàng )能得到(dào )解药。一日，新一 的女友(yǒu )毛(máo )利兰来到了阿笠博士的家寻(xún )找男(nán )友的下落，被(bèi )小兰(lán )撞见的新(xīn )一情急之下编造(zào )了自(zì )己名叫江户(hù )川柯南，随后柯南(nán )寄居(jū )在了小(xiǎo )兰家。小(xiǎo )兰的(de )父亲毛(máo )利小(xiǎo )五郎是一(yī )名私家侦探(tàn )，新一可以(yǐ )籍着和他一起四出办案一起追(zhuī )查黑夜人的(de )下落。柯南在小学认(rèn )识步美等小学生，他(tā )们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！