工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水(shuǐ )，工藤新一(yī )变(biàn )回了小孩！新一(yī )找到了(le )经常帮助他的阿笠博士(shì )，博士(shì )为他度身打造(zào )不少间谍武(wǔ )器(qì )。为了防止犯罪团伙对他(tā )进行(háng )报复，新一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的(de )女友毛利(lì )兰来到了阿笠博士的家(jiā )寻找男友的下落，被小兰撞(zhuàng )见的新一(yī )情急之(zhī )下编造了自己名叫(jiào )江户(hù )川(chuān )柯南，随(suí )后柯南寄居在了小兰家。小兰的父(fù )亲(qīn )毛利小五郎是(shì )一名私(sī )家侦探，新一可(kě )以(yǐ )籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下(xià )落。柯(kē )南在(zài )小学认(rèn )识步美等小学(xué )生，他们一起组(zǔ )织(zhī )了一个少年侦探团，向罪犯(fàn )宣战！