工(gōng )藤新一是全国著(zhe )名的高中生侦探，在(zài )一次(cì )追查黑衣(yī )人犯罪团伙时不(bú )幸(xìng )被团伙成(chéng )员发(fā )现，击晕后喂了神奇的药(yào )水，工藤(téng )新一变回了小孩！新一(yī )找到了经常帮助他的阿笠博士(shì )，博士为他度身(shēn )打造不少间谍武(wǔ )器。为(wéi )了防止犯(fàn )罪团伙对他进行报(bào )复，新一(yī )决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日(rì )，新一 的女友毛利兰(lán )来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的(de )新(xīn )一情急之下编造了(le )自己名叫江户川(chuān )柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰(lán )的父(fù )亲毛(máo )利(lì )小五郎是一名私家(jiā )侦探，新一可以籍着和他一(yī )起(qǐ )四(sì )出办案一起追查黑夜人的(de )下落。柯(kē )南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少(shǎo )年侦探团，向(xiàng )罪犯宣战！