工(gōng )藤新一是全国著(zhe )名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成(chéng )员发(fā )现，击晕后喂了(le )神奇的药水，工藤新一(yī )变回(huí )了小(xiǎo )孩！新一找到(dào )了经常帮助他的阿笠博士(shì )，博士(shì )为他度身打造不少间谍武器。为了防止(zhǐ )犯罪(zuì )团伙对(duì )他进行报复，新一决定(dìng )隐姓埋名，暗(àn )中追查他们，希望能得到解药。一日，新一(yī ) 的(de )女友毛利兰来到了阿(ā )笠博士的家寻找(zhǎo )男友的(de )下(xià )落(luò )，被小兰撞见的(de )新一情急之下编造了自己名叫江(jiāng )户川柯南(nán )，随(suí )后(hòu )柯南(nán )寄居在了小兰(lán )家。小兰的(de )父亲毛利(lì )小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着(zhe )和(hé )他一起四(sì )出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一(yī )起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战(zhàn )！