工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查(chá )黑衣人犯(fàn )罪团伙时不幸被团(tuán )伙成员发现，击晕后(hòu )喂了神奇(qí )的药水，工藤新一变回了小孩！新(xīn )一找到了经常(cháng )帮助他的阿笠(lì )博(bó )士，博士为他度身(shēn )打造不少间谍武器。为(wéi )了防止犯罪团伙对他(tā )进(jìn )行报复，新(xīn )一决定隐姓埋名，暗(àn )中追查他们(men )，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛(máo )利兰来到了(le )阿笠(lì )博士的家(jiā )寻找男(nán )友的下落，被小兰撞(zhuàng )见(jiàn )的(de )新一情急之下编造了(le )自己名(míng )叫江户川(chuān )柯南(nán )，随后(hòu )柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲(qīn )毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以(yǐ )籍着和他一起四出办案(àn )一起追查黑夜人(rén )的下落。柯南在小学认识步(bù )美等小学生，他们一(yī )起组织了(le )一个少年侦探团，向罪犯(fàn )宣战！