工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑(hēi )衣人犯罪(zuì )团伙时不幸被团(tuán )伙成员发(fā )现(xiàn )，击晕后喂了神奇的药水(shuǐ )，工藤新一变回了小孩！新(xīn )一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少(shǎo )间(jiān )谍武器。为了防止犯罪(zuì )团伙对他进行报复(fù )，新一决定隐(yǐn )姓埋名(míng )，暗中追(zhuī )查他们，希(xī )望能得到解药(yào )。一(yī )日，新一 的女(nǚ )友毛利兰来到了阿(ā )笠博士的家寻找男(nán )友的下(xià )落，被小兰撞见的新一情急(jí )之下编(biān )造了自己名叫江户川柯南(nán )，随后柯南寄居在了小兰家(jiā )。小兰的父亲毛利小五郎是一名(míng )私家侦(zhēn )探(tàn )，新(xīn )一(yī )可(kě )以籍着和他一起四出(chū )办(bàn )案一(yī )起追查黑夜人的下落。柯南(nán )在(zài )小学认识(shí )步美等(děng )小(xiǎo )学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！