工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查(chá )黑衣人犯罪团伙时不幸被(bèi )团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药(yào )水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常(cháng )帮(bāng )助他的阿笠博士，博士为他(tā )度身打造不(bú )少(shǎo )间谍武器(qì )。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新(xīn )一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们(men )，希望能得到解药(yào )。一日，新(xīn )一(yī ) 的女友毛利(lì )兰来到(dào )了(le )阿笠博士的(de )家寻(xún )找男友(yǒu )的下落，被小(xiǎo )兰撞见(jiàn )的新一情急之(zhī )下编造了自己名叫江户(hù )川柯南，随(suí )后(hòu )柯南寄居在了(le )小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是(shì )一名私家侦探(tàn )，新一可以籍着和(hé )他一(yī )起四出办(bàn )案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等(děng )小学生(shēng )，他(tā )们一起组织了一(yī )个少年侦探团，向(xiàng )罪(zuì )犯宣战！