工藤新一是全(quán )国(guó )著名的(de )高(gāo )中生侦(zhēn )探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不(bú )幸被团伙成员(yuán )发现(xiàn )，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新(xīn )一找到(dào )了经常帮助(zhù )他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为(wéi )了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定(dìng )隐姓埋名(míng )，暗中追查他们，希望能得到(dào )解(jiě )药(yào )。一日，新一 的女友毛利兰来到了(le )阿(ā )笠博士(shì )的家(jiā )寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急(jí )之(zhī )下编造(zào )了(le )自己名叫江户川柯南，随(suí )后柯南寄(jì )居在了小(xiǎo )兰家。小兰的父亲(qīn )毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案(àn )一起追(zhuī )查黑(hēi )夜人的下落。柯南在小学(xué )认识步美(měi )等小学生，他们(men )一起组织了(le )一个少(shǎo )年侦探团，向罪犯宣(xuān )战！