工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团(tuán )伙时不幸被(bèi )团伙成员发(fā )现，击晕后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一变回了小孩(hái )！新一找到了经常帮(bāng )助(zhù )他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙(huǒ )对他进行报复(fù )，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希(xī )望能得到解药。一(yī )日，新一 的女友(yǒu )毛(máo )利兰来到了阿笠博士(shì )的家寻(xún )找男友的(de )下落，被(bèi )小兰撞见的新一情急(jí )之下编造了自己名(míng )叫江户川(chuān )柯南(nán )，随后柯南寄居在了小(xiǎo )兰家。小(xiǎo )兰的父(fù )亲毛利小五郎(láng )是一名私家侦(zhēn )探，新一可以籍着和他一起四出(chū )办案一起追查黑(hēi )夜(yè )人(rén )的下落(luò )。柯南在小(xiǎo )学认识步美(měi )等小(xiǎo )学生，他们一起组织(zhī )了一个少(shǎo )年侦探团，向(xiàng )罪犯宣战(zhàn )！