工(gōng )藤(téng )新一是全国著名的高中生(shēng )侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙(huǒ )时不幸被(bèi )团(tuán )伙成员发现，击晕后喂了神奇的药(yào )水，工藤新一变回(huí )了小孩！新(xīn )一找到了经常帮助他的阿笠博(bó )士，博士为他度身打造不少间谍武器。为(wéi )了防止犯罪团伙(huǒ )对他进行报复，新一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们(men )，希望能(néng )得到解药(yào )。一日，新一 的女(nǚ )友毛利兰来到(dào )了阿笠博(bó )士的家寻找男友(yǒu )的下落(luò )，被小兰撞见(jiàn )的新一情(qíng )急之下编造(zào )了自(zì )己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了(le )小兰家。小(xiǎo )兰(lán )的父亲(qīn )毛利小五郎是一名私(sī )家侦(zhēn )探，新一可以籍着和他一(yī )起四出办案一起追(zhuī )查黑夜人(rén )的下落。柯南在小学认识步美等小(xiǎo )学(xué )生，他们一起(qǐ )组织了(le )一个少年侦探团，向罪(zuì )犯宣(xuān )战！