工藤新一是全国著(zhe )名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪(zuì )团(tuán )伙时(shí )不幸被团伙成员(yuán )发现，击晕后喂(wèi )了神奇的药(yào )水，工藤(téng )新一变回了小孩！新一(yī )找到了经常帮(bāng )助他的阿笠博(bó )士，博士为他度身打造不少(shǎo )间谍武器。为了防止(zhǐ )犯罪团(tuán )伙对他进行报复，新(xīn )一(yī )决定隐姓埋名，暗中(zhōng )追查他们，希望(wàng )能(néng )得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了(le )阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新(xīn )一情(qíng )急之(zhī )下编造了自己名叫江户(hù )川(chuān )柯南，随后柯(kē )南寄居在了(le )小兰家。小兰(lán )的父亲毛利(lì )小五郎是(shì )一名私家(jiā )侦探，新一可以籍着和他一起(qǐ )四出办(bàn )案一起追查黑夜人的(de )下落。柯南在小(xiǎo )学认识步美等小学生，他们(men )一(yī )起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！