工(gōng )藤新一是全国著名的高中生(shēng )侦探，在一次(cì )追查黑衣人犯罪团伙时(shí )不(bú )幸(xìng )被团伙成员发现，击晕(yūn )后喂了神奇的药(yào )水，工藤新一(yī )变回了小(xiǎo )孩！新一找到了经常帮助他的(de )阿笠博士(shì )，博士为(wéi )他度身打造不少(shǎo )间谍武(wǔ )器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名(míng )，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的(de )女友(yǒu )毛(máo )利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落(luò )，被(bèi )小兰撞(zhuàng )见的新一情(qíng )急之下编造了自己名叫江户(hù )川柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰(lán )家。小兰的父亲(qīn )毛利小五郎是一名私(sī )家侦探，新一可以籍着和他一起四(sì )出办案一起追查(chá )黑夜人的(de )下(xià )落。柯南在小学认(rèn )识步美等小学生，他们一起(qǐ )组织(zhī )了一个少年(nián )侦探团，向(xiàng )罪犯宣战！