工藤新一是全(quán )国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不(bú )幸被团伙成员发(fā )现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一(yī )找到(dào )了经常帮助他的阿笠博士，博(bó )士为他(tā )度(dù )身打造不少间谍(dié )武器。为了防(fáng )止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追(zhuī )查他们，希望能(néng )得到解药。一(yī )日，新一 的女(nǚ )友(yǒu )毛(máo )利兰来(lái )到了(le )阿笠博士的家寻找(zhǎo )男友(yǒu )的下(xià )落，被小兰撞见(jiàn )的新一(yī )情急之下编造了自己名叫江户川柯南(nán )，随后柯南寄居(jū )在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎(láng )是一名私家(jiā )侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一(yī )起追查(chá )黑夜人的下落。柯南在(zài )小学(xué )认识步美等小(xiǎo )学生，他们一起(qǐ )组织了一个(gè )少年(nián )侦探团(tuán )，向罪犯(fàn )宣(xuān )战！