工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查(chá )黑衣(yī )人犯罪团(tuán )伙时不幸被团(tuán )伙成员发现，击晕后喂了神奇(qí )的药(yào )水，工藤(téng )新一变回了小孩(hái )！新一找到了经常帮(bāng )助他的阿笠博(bó )士，博士为他(tā )度身打造不少间(jiān )谍(dié )武器。为了防(fáng )止犯罪团伙对他进(jìn )行报(bào )复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他(tā )们，希(xī )望能得到解药。一(yī )日，新一 的女友毛利兰来到了阿(ā )笠博士的家寻找男友的下落(luò )，被小兰撞见(jiàn )的新一情急之(zhī )下编造了自己名叫江户川柯(kē )南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小(xiǎo )五郎是一名私家侦探，新(xīn )一可(kě )以籍着和他一起四出办案一起追查黑(hēi )夜人的下落。柯南在小(xiǎo )学认识(shí )步美(měi )等(děng )小(xiǎo )学(xué )生，他们一(yī )起(qǐ )组(zǔ )织(zhī )了一个少年侦(zhēn )探团，向罪犯宣战(zhàn )！