工藤(téng )新一是全国著名的高中(zhōng )生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙(huǒ )时(shí )不幸被团伙成(chéng )员发现，击(jī )晕后喂了神(shén )奇的药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找到了经常帮(bāng )助他的阿笠博士，博士为(wéi )他度身打造不少间谍武器。为(wéi )了防(fáng )止犯罪团伙对(duì )他进行报复(fù )，新一决定隐姓埋名，暗中(zhōng )追查(chá )他(tā )们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的(de )家寻(xún )找男(nán )友的下落，被小兰撞见(jiàn )的新一(yī )情(qíng )急(jí )之下(xià )编造了自己(jǐ )名叫江户川柯南，随后柯(kē )南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛(máo )利小五郎是一名(míng )私家(jiā )侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯(kē )南在(zài )小学认识步美(měi )等小学生(shēng )，他(tā )们一(yī )起组织了一(yī )个少年侦探团，向罪犯宣战(zhàn )！