工藤新一是(shì )全(quán )国著名的高中生侦探，在一次追查(chá )黑衣人犯(fàn )罪团(tuán )伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇(qí )的药(yào )水，工藤新一变回了小孩！新一找(zhǎo )到了(le )经常帮助他(tā )的阿(ā )笠博士，博(bó )士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对(duì )他进行报复(fù )，新一(yī )决(jué )定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们(men )，希(xī )望能得到(dào )解药。一日，新一 的女友毛(máo )利兰来(lái )到了阿笠博士的家寻(xún )找男友的下(xià )落，被小(xiǎo )兰撞见的新一情急之下编造了自(zì )己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了(le )小兰家。小兰的(de )父亲毛(máo )利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出(chū )办案一起追查黑夜(yè )人(rén )的下(xià )落。柯南在(zài )小学认识步美等小学生(shēng )，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪(zuì )犯宣(xuān )战！