工藤(téng )新一是全(quán )国著名的高中生侦探，在一次追(zhuī )查黑衣人犯罪团伙时不幸被团(tuán )伙(huǒ )成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找(zhǎo )到了经常帮助他的阿笠博(bó )士，博士为他度身打造不少(shǎo )间(jiān )谍(dié )武器(qì )。为了(le )防止犯罪(zuì )团伙对他(tā )进(jìn )行报复，新(xīn )一(yī )决定隐姓埋名，暗中追查(chá )他(tā )们，希望能得到解(jiě )药。一日，新一 的女友(yǒu )毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下(xià )落，被小(xiǎo )兰撞见的(de )新一情急之下编造(zào )了自己名叫(jiào )江户(hù )川柯南，随后柯南寄居在了小兰(lán )家。小兰的父亲毛利小五(wǔ )郎是一(yī )名私家侦探(tàn )，新一可以籍(jí )着和他一起四出办案一起追查(chá )黑夜人(rén )的下(xià )落。柯南(nán )在小学认识步美等小学(xué )生，他们一起组织(zhī )了(le )一个少年侦探团，向罪犯宣战！