工藤新一是全国著名的高(gāo )中生侦探，在一次追查(chá )黑衣人犯罪团伙时(shí )不幸被团伙成(chéng )员发现，击晕(yūn )后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一变回了小(xiǎo )孩！新(xīn )一找(zhǎo )到了(le )经常帮助他(tā )的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓(xìng )埋(mái )名，暗(àn )中(zhōng )追查他们，希望能得(dé )到解(jiě )药。一日，新一 的女友毛利兰来(lái )到(dào )了阿笠博士的家(jiā )寻找男(nán )友的下落，被小兰撞(zhuàng )见的新一(yī )情急之下编造了自(zì )己名叫江户(hù )川柯南(nán )，随后柯南寄居在了(le )小兰(lán )家。小兰的父亲毛利(lì )小五郎是一名私家侦(zhēn )探，新一可以(yǐ )籍着和他一起四出办案(àn )一起(qǐ )追查黑夜(yè )人的下落。柯南在小学认识步美等小(xiǎo )学生，他们一起组织了一个少年侦探(tàn )团，向罪犯宣(xuān )战！