工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查(chá )黑衣人犯罪(zuì )团伙(huǒ )时不幸被团伙成员发(fā )现，击(jī )晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩(hái )！新一找到了经常(cháng )帮助(zhù )他的阿笠博士，博士为他(tā )度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙(huǒ )对他进(jìn )行报复，新一决定隐姓埋名(míng )，暗(àn )中追查他(tā )们，希望能得(dé )到解药。一(yī )日(rì )，新一 的女友毛利兰来(lái )到了阿笠(lì )博士的(de )家寻(xún )找男友的下落，被小兰撞见的新一情急(jí )之(zhī )下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰家。小兰的父亲(qīn )毛利小五(wǔ )郎是一(yī )名(míng )私家侦探，新一(yī )可以籍(jí )着(zhe )和(hé )他一起四出办案(àn )一起追查黑夜人的下落。柯(kē )南在小学认识步美等小学生，他们一(yī )起组织了一个少年侦探团(tuán )，向罪犯宣战！