工(gōng )藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸(xìng )被团(tuán )伙成(chéng )员发现，击晕后喂了(le )神奇的(de )药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找(zhǎo )到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度(dù )身(shēn )打造不少(shǎo )间谍(dié )武器。为了防(fáng )止犯罪团伙对(duì )他进行报复，新一决(jué )定(dìng )隐姓埋(mái )名，暗中追查他们，希望能得到解药(yào )。一日，新一 的女友毛利兰来到了(le )阿笠博士的家寻找男友(yǒu )的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户(hù )川(chuān )柯南，随后柯南(nán )寄(jì )居在(zài )了(le )小(xiǎo )兰家。小兰的(de )父亲毛利小(xiǎo )五(wǔ )郎是一名私(sī )家侦探，新一可(kě )以籍着和他一起四(sì )出办案一起追查黑夜人(rén )的下落。柯南(nán )在小学(xué )认识(shí )步美等小学生，他们一起组织了一(yī )个少年侦探团，向(xiàng )罪(zuì )犯宣战！