工藤新一是(shì )全国著名的高中生(shēng )侦(zhēn )探，在一次追查黑衣(yī )人犯罪(zuì )团伙时不幸(xìng )被团伙成(chéng )员(yuán )发现，击(jī )晕后喂(wèi )了(le )神奇的药水，工藤新(xīn )一变回(huí )了小孩！新一(yī )找到了经常帮助他的阿(ā )笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为(wéi )了(le )防止(zhǐ )犯罪团伙对他进行报(bào )复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希(xī )望能得到解药。一日(rì )，新一 的女友毛利兰来到了阿(ā )笠博(bó )士的家寻找男(nán )友的下(xià )落，被小(xiǎo )兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居(jū )在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是(shì )一名私家侦探，新一(yī )可以籍着和他一起四出(chū )办案一起追查黑夜人的下落。柯南(nán )在小学(xué )认识步美(měi )等小学(xué )生，他们一(yī )起组(zǔ )织了一个少(shǎo )年侦探(tàn )团，向罪(zuì )犯宣战！