工藤新一是全国(guó )著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被(bèi )团伙成员发现，击晕(yūn )后喂了神(shén )奇的药水，工藤新(xīn )一(yī )变(biàn )回了小孩！新一找到(dào )了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度(dù )身(shēn )打(dǎ )造不少间谍武器。为了防(fáng )止(zhǐ )犯罪团伙对他进行报(bào )复，新一决定隐姓埋名，暗(àn )中追查他们，希望能(néng )得到(dào )解药。一日，新一 的女友毛利兰(lán )来到了(le )阿笠博士的(de )家寻找男友的(de )下(xià )落，被小兰撞见的新(xīn )一情急(jí )之下编造了自己名叫江户川柯南(nán )，随后柯南寄(jì )居在了小兰家。小兰的父亲毛利(lì )小五郎是(shì )一名私(sī )家侦探(tàn )，新(xīn )一可以籍(jí )着(zhe )和他一起四出办案一起追查黑夜人的(de )下落。柯南在小学认(rèn )识步美等小学生，他们一起(qǐ )组织了(le )一个少(shǎo )年侦探团，向罪(zuì )犯宣战！