工藤新一是全国著(zhe )名的高中生侦探(tàn )，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团(tuán )伙成员发现(xiàn )，击晕后喂了神奇的药水，工藤新(xīn )一变回(huí )了小孩！新一找到了经常帮助(zhù )他(tā )的阿笠博(bó )士，博士为他度身打造不少间(jiān )谍武(wǔ )器。为了防止犯罪团伙对他(tā )进行报(bào )复，新一决定隐姓(xìng )埋名，暗(àn )中追(zhuī )查他(tā )们(men )，希(xī )望(wàng )能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来(lái )到了阿笠博士的家寻找(zhǎo )男友(yǒu )的下落，被小(xiǎo )兰(lán )撞见的新(xīn )一情急之下编造了自己名叫江(jiāng )户川柯(kē )南，随后柯南寄居在了小兰(lán )家。小兰的父亲毛利小五郎(láng )是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出(chū )办案一(yī )起追查黑夜人的(de )下落。柯南在小(xiǎo )学认识(shí )步美等小(xiǎo )学(xué )生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！