工藤新一(yī )是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯(fàn )罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神(shén )奇(qí )的药水(shuǐ )，工藤新一变回了小孩！新一找(zhǎo )到了经常帮(bāng )助他的阿笠博士，博士(shì )为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一(yī )决(jué )定隐姓埋(mái )名(míng )，暗中追查(chá )他(tā )们，希望能得到解药。一日，新(xīn )一(yī ) 的女友毛利兰(lán )来(lái )到了阿笠博士(shì )的(de )家寻找男友的下(xià )落，被小兰(lán )撞见(jiàn )的(de )新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰(lán )家(jiā )。小(xiǎo )兰的父亲毛利小五郎是一(yī )名私家(jiā )侦(zhēn )探，新一可以籍着和他一起四出办案一起(qǐ )追查黑夜人(rén )的(de )下落。柯(kē )南(nán )在小学认识步美等小学生，他们(men )一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！