工藤新一是全国著名的(de )高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成(chéng )员发现，击晕后喂了神(shén )奇(qí )的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他(tā )的(de )阿笠博士(shì )，博(bó )士为(wéi )他度身打造不少间谍武器。为(wéi )了防(fáng )止犯罪团伙对他进行报复，新一(yī )决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得(dé )到解药。一(yī )日，新一 的(de )女友毛(máo )利兰来到了阿笠博士的家寻找(zhǎo )男友的(de )下落，被小兰撞见的(de )新(xīn )一情急之下(xià )编造了(le )自己名叫江户川柯南，随后柯南寄(jì )居(jū )在了小兰家。小兰的(de )父亲(qīn )毛利小五郎是一名私(sī )家侦(zhēn )探，新一可(kě )以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜(yè )人的(de )下落。柯南在小学认识步(bù )美(měi )等小学生，他们(men )一起组织了一(yī )个少年侦探团，向罪犯宣战(zhàn )！