工(gōng )藤(téng )新一是全国著名的(de )高中生侦探，在一(yī )次(cì )追查黑衣人犯罪(zuì )团伙时不幸被(bèi )团伙成员发现(xiàn )，击晕后喂了神奇的药(yào )水，工藤新一变回(huí )了小(xiǎo )孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士(shì )为他度身打造不少间谍武器(qì )。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查(chá )他(tā )们，希(xī )望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江(jiāng )户川柯(kē )南(nán )，随后柯南寄居在了(le )小(xiǎo )兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探(tàn )，新一可以籍(jí )着和他一(yī )起四出(chū )办案(àn )一起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯(kē )南在小(xiǎo )学(xué )认识步美等小(xiǎo )学生，他们一起(qǐ )组织了一个少年(nián )侦探(tàn )团，向罪犯(fàn )宣战(zhàn )！